环保养猪优点
1、不需要对猪粪采用清扫排放，也不会形成大量的冲圈污水，从而没有任何废弃物、排泄物排出养猪场，基本上实现了污染物“零排放”标准，大大减轻了养猪业对环境的污染。
2、正常情况下可节省药费，猪吃了微生物菌以后，能帮助消化，还有一定程度下提高猪群的抵抗力。并且发酵床养猪法减少了药物的使用，同时减小了猪肉的药物残留问题。
3、节约水和能源，常规养猪，需大量的水来冲洗，而采用此法只需提供猪只的饮用水，能省水80~90%%;发酵床产生热量，猪舍冬季无须耗煤耗电加温，节省能源支出。
4、垫料在使用1年半后，形成可直接用于果树、农作物的生物有机肥，达到循环利用、变废为宝的效果。
环保养猪劣势
猪舍内不能使用化学消毒物质和抗生素类药物，如果使用，将杀灭和抑制微生物(所谓的益生菌)，或抑制其繁殖，使得微生物的活性降低，当猪场和猪群发生呼吸道疾病时，养猪同行面临着两难的选择，不用药，猪生长速度缓慢，成活率和生长速度、饲料报酬均降低，利益得不偿失。
另外，所谓的益生菌是不可能抑制病毒，当猪场发生蓝耳病、圆环病毒等常见病毒性疾病，或者口蹄疫、猪瘟等烈性传染病时，连化学消毒药都不能使用，病情很难以有效控制。
建设成本高，猪舍占地面积大，100平方米只能养50-70头猪(每头猪占地面积1.5平方米)，而目前规模化养猪可饲养100头，现有的猪舍不能用，要一大笔费用来改造(要垫3尺厚的锯木，而且要杂木的)。
发酵后在垫料中存在着大量的霉菌毒素，猪有拱食的习惯，猪只采食霉菌毒素后,常引起免疫抑制，抵抗力下降，饲料报酬不升而降。由于猪舍是半开放式的，受外界的环境变化的影响，如何使菌种在不同的气候条件下都能发挥较高的效率也是一个需要解决的问题。而且单位面积饲养猪的头数过多，床的发酵速度就会降低，不能迅速降解、消化猪的粪尿。